首次使用primer5进行引物设计推荐

最好的办法就是重新设计引物,一般来说引物之间存在大量的碱基互补配对就会容易形成引物二聚体。推荐使用Primer5进行引物设计，设计引物用专业软件如DNASTAR,PRIMER5，先找到基因的mRNAX序列，引物设计参数:a引物长度一般在20bp左右,上下游引物碱基长度不要相差超过4个碱基。b引物退火温度一般在58度。

BioEdit官方版支持序列比对、序列检索、引物设计、系统发育分析等功能。Geneious是一款综合的、跨平台的、领先的生物信息学软件,实现了发现,共享,操作和探索生物科学数据,可以轻松实现从基础的分子生物学到序列分析。是从NCBI里面的序列库中搜索的,自动搜索符合筛选条件的序列,从而给出引物序列blast是要求NCBI里面有的序列才能验证。

b引物退火温度一般在58度,不同软件TM使用不同的算法,primer3,primer5,primer6。上面一个应该是扩增出ORF框后,进行克隆、表达,所以带了酶切位点和ATG下面一个应该是单纯为了扩增出ORF框,所以在框外设计的引物，要验证引物合成是否正确,可以采用以下方法:1。使用质谱仪对引物进行质量分析,确保质量符合预期。